ゲーム本編は、アドベンチャーパートとミニゲームパートの２つのパートからなります。
メインとなるアドベンチャーパートは、序章や体育祭といった共通ルートを経て各キャラクターのルートへ入り、それぞれ4つのEND（アヌビス、トトは各2つ）へと展開します。
アヌビスルートは6キャラクターの各ENDいずれか1つづつクリア後に、トトルートはアヌビスルートクリア後に遊ぶ事が出来ます。
アドベンチャーパートは豪華声優陣によるフルボイスです。
各章の終わりに、神話にまつわるクイズミニゲームが発生します。
クイズは○×と四択からなり、EASYまたはHARDから難易度が設定できます。
正誤によってキャラクターの表情が変化したり、成績に応じてご褒美ボイスや「箱庭」（EXTRAの項目をご覧ください）で使用できるアイテムを手に入れる事が出来ます。
選択肢には、「通常選択肢」と「運命の糸」の選択があります。
ストーリー中にいくつか現れる選択肢です。選択肢の中から１つ選択してください。選んだ選択肢によってブレイブポイントが変化します。ポイント数によって、「運命の糸」の選択の幅が増減します。
所持しているブレイブポイントは
メニュー画面から確認できます。
ストーリーの進行上、重要な選択の場面で登場する特別な選択肢です。通常選択肢でたまったブレイブポイントによって、選択できる選択肢が制限されます。
ストーリー中に登場する単語のいくつかは、自動的に辞典またはミソロジーモノローグに登録されます。辞典ではその単語について詳しく解説、ミソロジーモノローグではその単語にまつわるショートストーリーを読む事が出来ます。
ゲーム内に登場したイベントイラストや音楽、ミソロジーモノローグや辞書の鑑賞、クイズゲームの練習等ができます。 また、アドベンチャーパートのクイズゲームで取得したアイテムは、ENTRA内の箱庭（MINIATURE GARDEN）で使用することができます。
自分のスペース（箱庭）に、アイテムを配置し、自分好みに神々の箱庭を作成する事が出来る機能です。配置できるアイテムはキャラクターのちびキャラ／家／オブジェクトです。
※動画は開発中のものです。実際の仕様と異なる場合がございます。
配置するアイテムやキャラクターの組み合わせによっては、ボイスつきのミニシナリオイベントが発生します。
色々な組み合わせをためしてみてください。
取得したイベントはメニューの「イベント」リストから鑑賞することができます。
